目前下设事务部、计财部、安保部三个管理部门，水务管理分公司、船舶服务分公司两个业务经营实体，供水班、回收班（2个船舶固体废弃物中转站作业班组）、洗衣班、管网检测（查漏）中心5个生产班组。现有三个船舶固体废弃物中转站以及与之配套的办公生活设施，分别位于连云港主港区、赣榆港区以及徐圩港区。其中徐圩港区暂未投入使用。